Ein Fossil entsteht nur unter perfekten Bedingungen. Nur ein extrem winziger Bruchteil aller Tiere (und Pflanzen) die jemals gelebt haben, wurde zu einem Fossil. Fast alles ist verwest und kompostiert als hätte es nie existiert.
Im Idealfall wird ein toter Körper sehr schnell nach dem Tod luftdicht abgedeckt und sauerstoffarm bzw. sauerstofffrei gelagert. Das funktioniert am besten wenn ein totes Tier in einem Sumpf versinkt oder wenn es von einem Erdrutsch begraben wird oder an einem Ort mit sehr schneller Sedimentbildung stirbt. Alternativ ist auch trocken-kaltes Klima hilfreich bei der Fossilierung, weil es die Verwesung bremst und mehr Zeit bleibt um das tote Tier mit Sedimenten zu umschließen, wobei hier aber die Knochen seltener in ihrer ursprünglichen Position erhalten werden und häufig nur unvollständige Skelette fossilieren. Eine gewisse Größe ist hilfreich weil ein kleiner Körper sehr schnell verwest oder gefressen werden kann. Zu groß kann nachteilig sein, weil es dann länger dauert, bis der tote Körper bedeckt ist.
Nachteilig ist Wärme, Feuchtigkeit, die Anwesenheit vieler Aasfresser und eine Umgebung in der zum Todeszeitpunkt Erosion stattfindet.
Die Oberfläche der Erde befindet sich in einem ständigen Wandel. Durch Plattentektonik, Erosion und Sedimentation und durch Klimawandel verändert sich alles ständig. Manche Fossilien werden dabei unerreichbar tief unter der Erde begraben, andere kommen an die Oberfläche und werden von der Erosion zunächst freigelegt und dann abgetragen. Was in Flusstälern gestorben ist, wurde mit großer Wahrscheinlichkeit früher oder später durch Erosion freigelegt und vom Wasser abtransportiert und zerrieben, oder es wurde unerreichbar tief in Sedimenten begraben. Alles das nah an der Küste begraben wurde, hat eine große Chance früher oder später Erosion durch Wettereinflüsse und schwankende Meeresspiegel zum Opfer zu fallen. Alles das auf kleinen Vulkaninseln gelebt hat die nach dem Erlöschen ihres Vulkans innerhalb einiger Millionen Jahre erodieren und wieder im Meer versinken, ist restlos verloren.
Menschliche Aktivität ist dabei auch nicht zu unterschätzen. Unter unseren Städten kann man nicht nach Fossilien graben. Bauarbeiten, Steinbrüche und die Pflüge der Landwirte haben zerstörerische Wirkung. Eine Sonderstellung nehmen Umwälzungen der oberen Erdschichten durch Kriege ein, z.B. werden aktuell in der Ukraine beim Graben neuer Gräben sehr viele Skelette und Gegenstände aus dem zweiten Weltkrieg gefunden, die dadurch für die Archäologen der Zukunft und Paläontologen der fernen Zukunft verloren gehen. Fossilien wurden schon in vorgeschichtlicher Zeit gefunden, aber nicht richtig interpretiert, geschweige denn richtig gelagert wurden und die damaligen Funde sind heute verloren. Die vor Jahrtausenden im Mittelmeerraum ausgegrabenen Elefantenknochen die die Legenden von Zyklopen und Riesen begründet haben sind heute nicht mehr vorhanden. Ebenso wie sehr wahrscheinlich vor langer Zeit in Ostasien gefundene Fossilien, die als Drachen interpretiert wurden. Kulturen die alles zu "Medizin" vermahlen und dadurch zerstören, gibt es auch nicht erst seit gestern. Unfälle, Brände, Hochwasser, Parasiten und Kriege gefährden heute noch die in Museen, Universitäten und Sammlungen gelagerten Fossilien.
Es gibt nur eine Hand voll Gründe, warum ein toter Körper zum Fossil wird, aber zehntausende Gründe warum er nicht zum Fossil wird oder sein Fossil wieder zerstört wird.
Der Fossilbericht ist deswegen in sehr hohem Maße unvollständig. Daraus entstehen langfristig unbeantwortete Fragen, wie zum Beispiel:
Wie sieht die Entwicklungsgeschichte der Blütenpflanzen aus? Ihre Pollen können mindestens seit der Jurazeit nachgewiesen werden, die Pflanzen fehlen. Wo kamen sie her?
Wo sind die mittelgroßen Raubsaurier der letzten 5 Millionen Jahre der Kreidezeit Nordamerikas? Es ist unwahrscheinlich, dass es dort keine gab, aber sie sind nicht auffindbar. Warum?
Wann gab es die ersten anatomisch modernen Vögel? Die ältesten bekannten Fossilien aus der letzten Million Jahre der Kreidezeit sind zweifellos nicht die ersten modernen Vögel. Sie müssen Vorfahren gehabt haben, aber wo sind sie?
Wie genau verlief die Trennung der Entwicklungslinien von Menschen und Schimpansen? Im fraglichen Zeitraum vor 5-7 Millionen Jahren ist eine der größten Lücken im Fossilbericht der Vormenschen. Wer war der letzte gemeinsame Vorfahre, wie und wo lebte er und was waren die Gründe der Trennung?