Ja, du kannst das MP4-File "zerlegen" und einzelne Spuren entfernen, ohne dass die anderen Spuren dadurch in irgendeiner Weise beeinträchtigt oder verschlechtert werden.
Das funktioniert mit FFMPEG. Bedarf allerdings einer gewissen Gewöhnung, da es sich um ein Kommandozeilenprogramm handelt.
Der Befehl für das Auseinanderdividieren der einzelnen Spuren lautet map. Wenn du beispielsweise nur die erste Audiospur behalten möchtest, wäre der Befehl dafür
ffmpeg -i input.mp4 -map 0:v -map 0:a:0 -c copy output.mp4
(input.mp4 ist logischerweise der Name des Originalfiles und output.mp4 der Name des neuen "kastrierten" Files)
Dadurch werden alle Spuren außer der Videospur und der ersten Audiospur entfernt, es wird jedoch nichts umcodiert, die Originalqualität bleibt erhalten und das ganze dauert auch nur einige Sekunden bis höchstens wenige Minuten. Würdest du nur Spur 2 behalten wollen, wäre es -map 0:a:1 (da die Zählung der Spuren bei 0 beginnt, 1 ist also die zweite Spur), -map 0:a:2 wäre dann die dritte Spur usw.